宇宙歴796年にして帝国歴489年。人類は宇宙に進出し、巨大な文明を築いていたが、決して統一されていたわけではなかった。専制国家である銀河帝国、そして民主共和制の自由惑星連盟。広大な銀河を舞台に、二手にわかれた人類による戦争は150年にも渡って繰り広げられながら、なおも決着がついていない。だが、帝国側にラインハルト、連盟側にヤンという2人の人間が現れることで、膠着状態に陥っていた戦争は大きな動きを見せ始める。

実質的に銀河帝国の支配者となったラインハルトは、内政を固めることに腐心しつつ、人材の登用に心を砕いていた。キルヒアイスを失った帝国軍で「双璧」と称されたのはミッターマイヤー、ロイエンタールの両名であった。そんな中、ラインハルトは科学技術総監シャフトが提案した策を受け容れ、イゼルローン要塞への出兵を決定する・・

ラインハルト・フォン・ローエングラムは、亡き親友キルヒアイスとの約束を果たし、新銀河帝国の初代皇帝となった。一方、自由惑星同盟では、軍を退役したヤン・ウェンリーが、フレデリカ・グリーンヒルとささやかな挙式を行っていた。そんな中、ユリアンは地球教の実態を探るべく地球へと旅立った。

ついに長編スペースオペラが完結する！銀河帝国皇帝ラインハルト・フォン・ローエングラムは、宿敵ヤン・ウェンリーの死による喪失感から逃れるように政務に精励していた。双方に取り戻すことの出来ない喪失感を味わいながら、ラインハルトとヤンの後継者であるユリアンとの闘いはクライマックスに向けて加速する・・